一、陆地生态系统

南纬60°以南地区的陆生植物仅限于苔藓、地衣、地钱和两种开花的植物。副南极地区岛屿上的植物有更大的多样性，包括寒温带岛屿上的灌木丛和树木。副南极地区的岛屿可能有30~40种当地维管束植物物种，而冷气候岛屿上的植物物种比较多，某些岛屿上生存着150多种植物。在副南极地区和冷气候的岛屿，由于在地理和生态环境上长时间相互隔绝而且与周围的大陆隔离，这里的植物有高度的地方特有性。例如，新西兰南部岛屿上有独特遗传性的维管束植物250个类别，其中有35个类别是该地区特有的。

南极生态植物志正在编纂中。在此以前，人们尚无法确认其濒危物种。最近的遗传学调查表明，某些苔藓类物种的多样性比人们预计的要高得多，这意味着或是遗传突变率很高，或是新引进并成活下来的异地物种比以前推测的要多得多。南极半岛及周围部分岛屿上的冰川消退为南极洲的新物种迁移提供了机会。

南极大陆及其附近岛屿的陆生动物有螨、弹尾目、两种蚋及一些微小的土壤无脊椎动物（原生动物、节肢动物、线虫和轮虫）等。与植物群相似，副南极地区和冷气候岛屿上的动物群也具有更大的多样性，包括稀有的和特有的物种，尤其是无脊椎动物物种。一些物种还表现出对海洋岛屿环境的独特适应性，比如没有飞翔能力的昆虫。

在几个岛屿上保留了未被人类活动改变的完好的自然生态系统，这对科学界和物种保护具有国际上的重要性。然而其他的许多岛屿现均已留下了被人类改变的清晰的烙印，尤其是故意引入有害动物和食肉动物。特别令人关注的是已被引入的哺乳动物，明显的如啮齿动物、猫、兔、羊、牛和驯鹿等。最近几年，有了成功地从岛上清除异地哺乳动物的若干尝试，而且这种努力还在继续。

二、海洋生态系统

南极海洋生物多样性所受到的现代压力相对较小，但过去并非如此。当时捕鲸业曾经对鲸类种群造成极大影响，而从这样的影响中恢复又是极其缓慢的。

对南极海洋生物多样性的了解虽然不如其他一些地区完整，但也比较充分。这里的许多类别中的物种数量，比按照各大洋中物种平均分布情况估计出来的要少。腹足类和双壳类的软体动物、深海/深水鱼类的种类就是很好的例证。人们无法解释清楚为什么生物多样性如此之低。有人认为这可能仅仅是全球生物分布特点决定的——越接近极地地区物种越少（生物多样性随纬度升高而递减）。但生态学家对此没有达成一致。就鱼类来说，种类少可能反映出缺乏传统上有多种鱼类的生境。然而，某些类别在南极海洋的分布较广。如片足类和等足类的甲壳纲动物、苔藓虫和海绵虫等。与世界上大多数的大洋一样，人们对南极海洋生物多样性的了解仅限于大陆架和大陆斜坡，对南极洲附近的深海动物的了解几乎为零。

历史上，人们为了经济目的而捕猎海洋高级食肉动物，特别是南方海狗，使其在18世纪末到19世纪初几乎灭绝，紧随其后是对鲸的大肆滥捕。由于对南乔治亚海域南方象海豹捕捉的严格管理，那里的象海豹成了滥捕的唯一例外。没有证据说明过去在南极海洋捕捞造成任何一种物种的灭绝。然而，人类活动已经对南极海洋生物多样性造成极大危害是可能的。

人们非常关注渔业带来的附带捕捞的影响，尤其是对信天翁和海燕的影响。据保守估计，每年在南极海洋死于长线捕鱼上的信天翁达4.4万只。一些地方的信天翁种群每年减少达7%，这个速度使该种群难以生存下去。长线捕鱼活动已被确认是对信天翁的最大威胁。

其他捕鱼活动也可能对其他物种有重要的间接影响。其中海底拖网对天然再生能力较低的海底生物群体的影响最为严重。目前尚无关于这一问题的数据。总的来说，渔业的直接和间接影响仍将是对南极海洋生物多样性的主要威胁。