《农业微生物学》是生物技术专业、农学类专业学生必修的一门与农业生产密切相关的生物基础课程，本课程涉及的是不易直观、形象的表述的微观世界，同时，它也是一门实践性很强的实验科学。因为微生物与物质循环、土壤肥力转化、农作物病虫害微生物防治、环境保护有着紧密关系。

该课程讲授的主要内容包括：微生物的五大共性、微生物在国民经济中的作用、原核微生物的的细胞形态与构造、真核微生物的细胞形态与构造、非细胞生物;病毒形态与构造、微生物的营养物质与培养方法、微生物在发酵工业中的应用、微生物的生长及其控制、微生物的遗传变异和育种、微生物在物质循环中的作用、微生物生态、生物固氮、微生物在农业生产中的作用、微生物在环境保护中的作用。从而正确指导农业生产实践中微生物制品的应用。

本课程的任务是使学生掌握确与农业生产密切相关的微生物的种类、形态结构、生理特性、分布、作用功能及其活动规律。掌握微生物与农业生产之间的相互关系等，微生物在自然界物质循环、土壤肥力转化中的作用。了解微生物在农业和环境保护中应用。正确指导学生利用微生物提高土壤肥力、防病治虫草害、进行三废治理。并培养学生具备分析问题、解决实际问题及从事本学科研究工作的能力。