【旧俗与汉法】 在南进过程中，蒙古统治者内部围绕统治方针，即采用蒙古旧俗还是实行汉法，展开了激烈争论。最后，忽必烈在一部分儒士的支持下，确定了在蒙古旧地仍实行蒙古旧俗，但在汉地则推行汉法的统治方针。
【国家机构与制度】 元代国家体制的建构，主要是借鉴唐宋制度，亦结合自身之民族统治特点而形成的。其中虽多有不足，但也不乏创新，尤其是“行省”制度的推行，影响深远。
1．中央机构
元朝中央政府的核心主要由“总政务”的中书省、“秉兵柄”的枢密院和“司黜陟”的御史台构成。其中中书省是总揽政务的中枢机构，长官中书令多由皇太子担任，下设右、左丞相等属官多员佐理政事，统称为“宰执”。中书省之下还设吏、户、礼、兵、刑、工六部,负责日常行政工作。枢密院主管四怯薛之外全国的军事行政，院使由皇太子兼任。御史台负责纠察百官善恶、政治得失，下辖殿中司、察院、八道肃政廉访司。肃政廉访司是地方的行政司法监察机关,分别隶属于御史台和行台。地方监察机关直属中央的监察机构,构成从中央到地方独立的监察组织体系,是从元代开始的。
元代中央机构中,蒙古翰林院及下属的蒙古国子监,掌回回历法的司天监,管也里可温(基督教)的崇福司,主管全国佛教及吐蕃地区军、民之政的宣政院,是具有时代特色的机构。其中,宣政院由于职掌和用人方面的特殊性,成为与省、院、台并列的四大军政系统之一。
2．地方行政机关
元代的地方最高行政机关是行中书省,简称行省,“凡钱粮、兵甲、屯种、漕运、军国重事,无不领之”。每省设丞相1员(不常设)、平章2员,品秩低中书省一级。除中书省直辖的腹里地区（包括山东、山西、河北），以及吐蕃和畏兀儿地区外,全国分置岭北、辽阳、河南、陕西、四川、甘肃、云南、江浙、江西、湖广十个行省。最初,行省属于中书省的临时派出机构，但后来行省各长官不再系中书省衔,行省遂成为最高地方行政机关。行省制度为后来的明清两朝所继承。
省以下的行政区划分为路、府、州、县四级。路设总管府,置达鲁花赤、总管、同知各1员。府、州、县分设知府或府尹、州尹、县尹,各尹之上俱置达鲁花赤。远离行省中心的地区,分道设立宣慰司,兼有行省派出机关和介于省、路之间一级行政机构的职能。
县以下的基层组织,坊里制与社制并存。坊是城市的基层组织，里（乡）是乡村基层组织。1270年后又在农村普遍推行社制，以劝导农业、维护乡村秩序。社制在部分城市中也得到推行。
3．选官制度
元代人做官的途径,主要是宿卫和吏两条。宿卫是指由怯薛出身做官，多出自皇帝的旨意,升迁最快,因此人数虽少,高级官僚却多为他们垄断。由吏入仕占仕途的90% ～ 95%。此外有由岁贡者、荫叙者,还有临时选拔的廉能、遗逸、童子举、茂才异等杂科。科举制不为元代的统治者重视，终元之世只举行过9次科举考试，无论是规模、录取人数、还是进士的地位前途,都无法与唐宋相比。
4．法律与司法
在立法方面,元朝一直没有编成类似《唐律》那样形式的完备的法典。其法制体系,主要由以“条格”和“断例”形式颁降的单行法规构成。条格包括圣旨条画和中央各主管部门颁发的各种训令两大类。这些条格有些是具体处置个别事件的指令性文书,有些是记录皇帝对有关事件所作裁断的公文书,在形式上与系统的法规有很大差异,但在元代它们具有普遍的法律效率。断例即断案的成例,也具有相同的效能。在司法机关的设置上,元代裁撤专管司法的大理寺,于刑部置狱,司法与行政遂合二为一。
5．军事制度
元朝的军人为世袭职业。出军当役的人户即为军户,有蒙古军户、探马赤军户、汉军户、新附军户之分。元朝的军队由宿卫军和镇戍军组成。宿卫军又包括由皇帝直接指挥的怯薛军和隶属于枢密院、担任京城和畿甸地区禁卫、构成元代军事主力的侍卫亲军。镇戍各地部队按照族属编制,分镇不同地域。元朝军队中还有一些特殊军种,如水军、由回回炮手军匠和火炮军匠组成的专门部队等。
6．赋役与财政制度
元代南北的赋役制度不同。北方采取与唐代租庸调相近的方法,主要有税粮和科差两项。税粮又分为丁税与地税。科差包括丝料和包银，负担者主要是一般的民户。在南方则沿袭南宋的两税制,征取夏、秋两税,而以秋税为主。此外,元朝还征收各种税课，包括盐税、茶税、酒醋税、商税、市舶抽分、额外课、金银铜铁课等。盐税是土地、人丁税以外的最大宗税收。
人民除承担交纳税粮、科差等之外,还要为政府提供劳役。役包括两类：一类是定期征发的用于土木工程、治河、运输等方面的“杂泛之劳”；一类是义务担任地方基层行政施设职事的“差役”。
元代财政的另一特色是在全国范围内行用纸币——交钞。元朝统一全国以前,北方地区曾沿金朝制度，发行过地区性的交钞。忽必烈即位后,开始由中央政府统一发行交钞。灭亡南宋后,将交钞的行用推向全国，从中央到地方，远至畏兀儿等边远地区,均设交钞提举司,管理交钞的印制、发行。设平准库,掌交钞与金银的互换。设回易库,掌用旧钞兑换新钞。在资本市场中，斡脱钱（高利贷）十分活跃，元政府专门设立“斡脱所”进行管理。
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