9月4日开始，国共两党谈判进入实质性阶段。整个谈判过程几经周折，充满着激烈的政治斗争。斗争的焦点是军队和解放区问题。在军队问题上，国民党处心积虑地要取消中国共产党领导的人民军队，中国共产党在长期的革命斗争中深深认识到，没有人民的军队便没有人民的一切。但为了争取和平，共产党在谈判中作了必要的让步。中国共产党提出公平合理地整编全国军队，表示中共领导的军队可以大量消减。当时人民军队人数已超过一百万，共产党方面提出改编为48个师，而当时国民党的军队为263个师。但国民党方面断然否定中共的提议，苛刻地要求“中共军队之组编，以12个师为最高限度”，甚至要求共产党“交出军队”。其后共产党又进一步作出让步，同意国民党263个师，共产党43个师，比例接近1/7。国民党方面提出军队将编至140个师，中共方面提出可相应改编为20个师，双方军队比例仍为1/7。经过共产党多次让步与力争，国民党方面才表示“可以考虑”。
关于解放区问题：中国共产党提出解放区民主政府的存在是革命发展的结果，它受到人民的支持和拥护。谈判一开始，共产党方面就提出“承认解放区及一切收复区的民选政府”，但国民党方面则表示“承认解放区绝对行不通”，将解放区斥之为“封建割据”。争论最激烈的军队和解放区问题一直悬而未决。
9月8日，国民党政府代表根据4日蒋介石亲拟的《对中共谈判要点》，对中共的11项提要提出书面答复。蒋介石对这次谈判的方针是，在政治上作出一些关于开放民主自由的许诺，但一定要在“政令军令统一”的名义下取消中共领导的解放区和军队。因此，蒋在表面上承认中囯共产党的地位，承认各民主党派的地位，承认和平团结的方针，并允诺召开政治协商会议，但对于解放区政权和中共军队的地位，却坚决不予承认。这些问题就成为谈判中争论的中心问题。至9月21日，谈判一度陷于停顿，一星期后才恢复谈判。为使谈判获得进展，中共方面先后作过多次让步。
10月上旬，谈判获得进展，毛泽东表示国共双方在一起商量团结合作、和平建国问题具有重大的历史意义，强调“和为贵”，一定要用和平的方针来解决两党的争端。10月10日，国共双方代表王世杰、张群、张治中、邵力子和周恩来、王若飞共同签署了《政府与中共代表会谈纪要》，即《双十协定》。《纪要》就和平建国的基本方针、政治民主化、国民大会、党派合作、军队国家化、解放区地方政府等12个问题阐明了国共双方的见解。其中有的达成了协议，有的未取得一致意见。国民党方面接受了中共提出的和平建国的基本方针，承认要坚决避免内战。10月11日，毛泽东在张治中的陪同下飞回延安。周恩来、王若飞仍留重庆与国民党继续商谈尚未取得协定的问题。
重庆谈判及《双十协定》的签订，表明了中共对和平的诚意，取得了国内外舆论和中间阶层的广泛同情，政治上争得了主动。但解放区政权问题与军队问题的悬而未决，为以后的分裂内战埋下了伏笔。
在重庆谈判的同时，国民党不断发动对中共解放区的军事行动，试图以强大的军事力量来迫中共就范。对于蒋介石这种假和平、真内战的阴谋，中共针锋相对，进行了保卫解放区的自卫反击战，先后取得张家口战役、上党战役、邯郸战役的胜利，共歼敌10万余人，给进犯解放区的国民党军以沉重的打击，有力地配合了中共代表团在重庆的谈判斗争。
（2）停战谈判
蒋介石的内战政策激起了国内外舆论的强烈谴责。美国政府被迫调整对华策略。1945年12月，美国总统杜鲁门发表对华政策声明，表示赞成“召开全国主要政党代表的国民会议”，并任命马歇尔为总统特使赴华调处国共关系。虽然美国扶助蒋介石的基本政策没有改变，但策略上由公开扶蒋反共改为所谓“中立”和“调停”国共纠纷的变化，对于中国人民争取和平民主的斗争是有利的。由于国民党政府全面内战的准备尚未就绪，被迫于1946年1月5日，与中国共产党代表达成《关于停止国内军事冲突办法的协议》；1月10日，双方代表签定并发布了《关于停止冲突恢复交通的命令与声明》，同时公布了《关于停止国内军事冲突办法的协议》。这两个文件一般被通称为“国共停战协定”。双方颁发了于13日午夜生效的停战令。
协议和命令规定：由国民党政府与中共各派代表一人和美国总统特使马歇尔参加组成军事三人小组会议，商定有关停战问题的具体办法；国共双方领导下的一切部队，立即实行停止一切战斗行动、停止所有军事调动、停止破坏和阻碍一切交通线的行动的命令，自1月13日午夜起生效；为实行停战协定，在北平设立军事调处执行部。由于蒋介石的坚持，命令中又规定：对国民党军队在东北地区的行动和调动，不受停止所有军事调动条款的影响。中国共产党履行了协议和命令。
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