明朝中央财政自嘉靖中期以后陷入严重困境，张居正柄政时因为东南倭患已靖,北边又已经实现了与蒙古俺答“封贡”的和议,为他实行财政整顿创造了有利条件。张居正通过节省皇室和政府开支、利用考成法清收田赋、推行漕粮冬收春运之法、改民间养马力役为交银免役等一系列措施，使国家财政大大好转。为从根本上稳定社会和国家财政,张居正还主持了对全国土地的清查,并在此基础上在全国范围推广了“一条鞭法”。
一条鞭法的大意是以州县为单位,以经过重新清丈的田土的等级和数量与人丁为基础,将该州县原额田赋、力役、和贡办等应承担赋役,一概折合为白银征收。这样使赋税负担重新和田产与丁口相应,多占田者多交税,一定程度上体现了赋税的公平合理。赋税基本官收官解,减轻了民间征收和运送的压力。实物赋税和直接力役改为货币赋役,推动了农民与市场经济的结合,对于田少人多的地区尤其方便。项目简化归并,减少了吏胥上下其手的现象从而实际减轻了人民负担。这项改革在张居正死后继续得到推行,到万历二十年(1592)已经在全国普遍实行。张居正还重视水利建设，任用潘季驯治理黄河。
对北边蒙古各部，一方面先后调戚继光、王崇古等镇守蓟州、宣大等地，加强防务；另一方面，采取友好态度，以缓解边患。积极与俺达汗谈判,册封俺达汗为顺义王,重开贡市贸易，北方边疆危机暂时得以缓解。
自15世纪中叶以来,张居正执政的十年，是明朝国家行政系统最具有行为效率,国家最为稳定的时期。张居正的整顿与改革，主要是根据当时的国家社会面临的问题，而做出的以恢复国家机关效能为主的反应性的努力,并非对社会体系的根本改造。但是其内容,尤其是一条鞭法的推行,适应了商品货币关系普遍发展的历史趋势，和人民对于社会稳定的要求,对于均平人民赋役负担,缓和社会矛盾,促进社会繁荣和发展是有积极意义的。
【东林党】万历十年（1582年），张居正去世后，万历皇帝开始独掌大权。最初，他还经常亲理政务，但万历十四年( 1586)之后，就开始很少上朝与接见大臣，党争日炽，行政效能低下，国家政治几乎陷入泥潭之中。而随之而来的万历“三大征”的军事行动，使国家财政再度陷入危机之中。而万历皇帝为解决宫廷财政窘境，广派“矿监”“税使”，四处掠夺，使社会矛盾空前激化,在临清、武昌、汉阳、苏州、上饶、浮梁、开原、腾越、新会、仪真、蔚州等地,南起云南、广东,北至辽东,都频繁爆发了反对矿监税使的民变。
万历十年以来的朝政败坏和社会危机，引发了东林学派和所谓东林党为代表的一场士大夫救时运动。以赵南星、顾宪成等为首的东林人士，首先利用“京察”，对保守势力展开了挑战，希望利用“京察”来改善官僚系统人事结构。
万历二十一年(1593) ,在吏部尚书孙的主持，与吏部考功郎中赵南星和左都御史李世达的协理下，开始了“癸巳京察”。这次京察“秉公澄汰”,“无所徇私”,许多阁臣任用的私人和吏部大员的姻亲也在被贬斥之例。这引起了内阁的不满，遂唆使言官，利用其“拾遗”权力，对吏部展开了弹劾。这场争论，最终以吏部的彻底失败而告终。自此，内阁与六部之间的矛盾激化，党争也渐趋白热化，并形成了东林党、浙党、楚党、齐党、昆党等几个大的党派，彼此倾轧。之后发生的国本之争、挺击、红丸、移宫等案，都成为东林党与保守势力进行斗争的阵地。
东林党人在万历危机四伏的时代,从儒家以天下为己任的道德责任心出发,努力恢复理学传统,倡导士大夫的道德表率和是非原则,体现了中国传统士大夫积极的社会中坚意识，是明中叶以来种种社会改革潮流中的一个支流。但在当时之历史条件下，他们自身又不免党同伐异，也陷入了嚣嚣不息的党派倾轧之中。
【利玛窦与徐光启】16世纪末年,天主教耶稣会士来到政治、社会和思想动荡不安的中国。耶稣会是在天主教改革之后，在16世纪中叶建立的诸多宗教团体中的一个。在当时相当完备的学校教育下,耶稣会士中出现许多既富有宗教热情又具有丰富的科学知识和哲学、逻辑学知识的人士。伴随着西方对东方的殖民主义扩张,天主教各派在16世纪纷纷派传教士来到亚洲。首先在亚洲的南部传教,后来把触角伸向日本和中国。其中最为成功、成就最大的要数利玛窦了。
利玛窦(1552— 1610)在1571年加入耶稣会, 1582年来到澳门学习中文。他具有惊人的语言天赋和人格魅力,并且是一位自然科学家。他创造了罗马拼音体系,并把《四书》翻译成为拉丁文。1595年,他用中文写作了《交友论》。几经挫折之后,万历二十九年( 1601),利玛窦终于得到明朝的允许定居北京,并在北京建立天主教堂传播天主教。利玛窦认为在中国传教必须从天主教与儒家思想和传统融通的角度开始逐步展开。他确定了“合儒”、“补儒”、“超儒”的路线,尽量附会中国传统文化的概念来阐释天主教的教义，也不排斥对孔子和祖先的崇拜。这样他所宣传的教义，也就更容易被中国人所接受。同时，他还利用西方自然科学知识，打动了一批中国的士大夫学者,并在与其交往中渗透宗教观念。其中最著名的人物要属徐光启了。
徐光启,字子先,上海人,万历二十四年( 1596)他曾往广西,接触到西方人的学说。万历三十一年( 1603年) ,他在南京认识了利玛窦,对西方的科学知识有了更多的了解和兴趣。次年,徐光启中进士,选为庶吉士,到翰林院读书,遂潜心于天文、水利、国防、屯田、盐政等切关实用的学问的研究,以求国计民生的改观。此间,他在和利玛窦的交往中学习了许多西方的科学知识,并合作翻译西方的书籍如《几何原本》等。
徐光启在和利玛窦等人的接触中,感到这些西方人存“实心”,为“实行”,有“实学”,比起当时沉沦中的中国士大夫反而更有令人钦佩之处。所以他认为天主教“必可以补儒易佛”,可以帮助人心世风的好转。他更欣赏是西方人对待客观事物的思想方式和科学知识，认为西人的“科学”可以帮助富国强兵。他的后半生大都倾注于介绍、实验和应用西法来救助明朝的危机上面,其实际的意义却又超出于此,不仅成为中西文化思想交流的一次意义重大的努力,而且也推动了中国学术思想比以前更注重计量、分析,和实证的精神。徐光启的同时代人冯应京、邹元标、叶向高、李之藻、曹于汴、郑以伟等皆对西学持肯定的态度。
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